Sesuai dengan Peraturan Gubernur Jawa Tengah Nomor 83 Tahun 2016 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Kepegawaian Daerah Provinsi Jawa Tengah, Sekretariat mempunyai tugas melaksanakan penyiapan perumusan dan pelaksanaan kebijakan, pengkoordinasian pemantauan, evaluasi, pelaporan, pembinaan, dan pemberian dukungan administrasi kepada seluruh unit organisasi dilingkungan Badan.
Untuk melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud Sekretariat Badan melaksanakan fungsi:

1. penyiapan bahan kegiatan di lingkungan Badan;
2. pengoordinasian dan penyusunan rencana program dan kegiatan dilingkungan Badan;
3. pembinaan dan pemberian dukungan administrasi yang meliputi keuangan, hukum, hubungan masyarakat, ketatausahaan, kerumah tanggaan, kearsipan, dan kepegawaian di lingkungan Badan;
4. pengkoordinasian, pembinaan dan penataan organisasi dan tata laksana dilingkungan Badan;
5. pengkoordinasian pelaksanaan Sistem Pengendalian Intern Pemerintah dan Pengelolaan informasi dan dokumentasi;
6. penyelenggaraan pengelolaan barang milik/kekayaan daerah dan pelayanan pengadaan barang/Jasa dilingkungan Badan;
7. pelaksanaan Monitoring, evaluasi dan pelaporan sesuai dengan lingkup tugasnya; dan
8. pelaksanaan tugas kedinasan lain yang diberikan oleh Kepala Badan sesuai dengan tugas dan fungsinya.

Sekretariat, membawahkan:

1. Subbagian Program;
2. Subbagian Keuangan; dan
3. Subbagian Umum Dan Kepegawaian.

Tugas Subbagian Program meliputi :

1. Merumuskan bahan perumusan kebijakan teknis di Bidang Proram;
2. Menyiapkan bahan pengkoordinasian penyusunan perencanaan program dan kegiatan dilingkungan Badan;
3. Menyiapkan bahan pengendalian program dan kegiatan dilingkungan Badan;
4. Menyiapkan bahan pengelolaan data dan informasi di bidang program;
5. Menyiapkan bahan evaluasi dan pelaporan dilingkungan Badan; dan
6. Melakukan tugas kedinasan lain yang diberikan oleh pimpinan.

Tugas Subbagian Keuangan meliputi :

1. Merumuskan bahan perumusan kebijakan teknis di Bidang keuangan;
2. Menyiapkan bahan pengkoordinasian pengelolaan keuangan dilingkungan Badan;
3. Menyiapkan bahan verifikasi dilingkungan Badan;
4. Menyiapkan bahan pembukuan dan akuntansi dilingkungan Badan;
5. Menyiapkan bahan dan melakukan evaluasi dan pelaporan dilingkungan Badan; dan
6. Melakukan tugas kedinasan lain yang diberikan oleh pimpinan.

Tugas Subbagian Umum dan Kepegawaian meliputi :

1. Merumuskan bahan perumusan kebijakan teknis di Bidang Umum dan Kepegawaian;
2. Menyiapkan bahan pengkoordinasian pelaksanaan kebijakan pengelolaan kepegawaian dilingkungan Badan;
3. Menyiapkan bahan pengelolaan ketatausahaan dilingkungan Badan;
4. Menyiapkan bahan pengelolaan rumahtangga dan aset;
5. Menyiapkan bahan kerja sama dan kehumasan;
6. Menyiapkan bahan bahan pengelolaan kearsipan dan dokumentasi;
7. Menyiapkan bahan penataan organisasi dan pelaksanaan ketatalaksanaan;
8. Menyiapkan bahan evaluasi dan pelaporan dilingkungan Badan; dan
9. Melakukan tugas kedinasan lain yang diberikan oleh pimpinan.

Untuk mendukung tugas pokok dan fungsi Sekretariat maka digunakan Aplikasi e-Document fungsi dari aplikasi ini adalah untuk mengelola surat-surat dinas yang masuk ke BKD, arahan dan disposisi kepada pelaksana